В солнечный теплый день 22 июня 1941 г. состоялось открытие Городского парка культуры и отдыха. Под звуки оркестра прогуливались горожане. На разных площадках проходили спортивные соревнования и концертные выступления. В Нагаевском порту готовился отойти пароход с отпускниками. Из-за разницы в часовых поясах известие о вероломном нападении фашистской Германии магаданцы получили только в конце воскресного дня. Общегородской митинг начался в 11 часов вечера и собрал сотни горожан.
Уже утром 23 июня в военкомат и к руководству Дальстроя стали поступать заявления с просьбами об отправке на фронт. Заявления поступали и все четыре года войны. Однако мобилизация дальстроевцев имела свою особенность – «бронь» для специалистов, в которых нуждался «комбинат особого типа». Центром отправки на фронт являлся Магадан. К сожалению, нет достоверных сведений, сколько магаданцев среди ушедших в действующую армию 8 с лишним тысяч северян. Это были выпускники средней школы, отличники всеобуча, молодые производственники, освободившиеся заключенные, на которых «бронь» не распространялась.
Тыловой город Магадан, как и вся страна, стал жить и работать по законам военного времени. Уже в первые дни войны руководство Дальстроя издало приказ о формировании стрелкового полка самообороны и других оборонных подразделений. Магадан был разбит на 6 районов. При штабе Магаданской противовоздушной обороны (МПВО) созданы специальные общегородские команды: команда связи и оповещения, команда охраны порядка и безопасности, восстановительная, химическая, медико-санитарная и противопожарная команды. Проводились учебные воздушные тревоги, проверки светомаскировки в жилых домах и учреждениях. Не исключалась возможность ведения военных действий в прибрежных районах Ольского побережья. Нападение предполагалось со стороны империалистической Японии, союзницы Германии. Укреплялся Нагаевский сектор береговой обороны. Одна из батарей боевых орудий располагалась в 1,5 км от мыса Островной, другая – в 2 км от мыса Ольский. Первая батарея стратегически выгодно преграждала вход в бухту Нагаева, вторая – в бухту Гертнера. Была сооружена сеть дотов и дзотов, в том числе за речкой Магаданкой и на сопке Блиндажной. В Нагаево базировался манипуляторный отряд, который занимался строительством и обслуживанием гидротехнических объектов: ставил створные знаки, маяки, буи, учился устанавливать и снимать мины.
Магаданский городской Совет Осоавиахима (Общества содействия обороне и авиационно-химическому строительству СССР) на специально организованных курсах готовил инструкторов ПВХО (противовоздушной и противохимической обороны), "начальников групп самозащиты жилого дома", инструкторов-мотоциклистов и автомобилистов. Девушки осваивали первую медицинскую помощь. В 1943–1944 гг. на базе городской больницы были организованы курсы медсестер запаса, где активно работали врачи больницы Н.А. Серебренников, Ф.Э. Яхнина и другие.
Магадан стал центром многих патриотических, трудовых починов под лозунгом «Все для фронта, все для победы». На городском митинге в ночь на 23 июня 1941 г. горожане дали клятву: «Где бы мы не находились, какую бы работу не выполняли, мы помним, что подлинно социалистическим трудом крепим оборонную мощь страны. Перевыполнением государственных производственных заданий способствуем победе над врагом».
Война угрожала оставить Колыму без снабжения оборудованием, сырьем, продуктами. Завоз грузов, даже минимальный, находился под угрозой срыва из-за препятствий, чинимых судоходству военно-морским флотом Японии. В условиях дефицита рабочих рук были отменены отпуска работникам Дальстроя и выезд «на материк» освободившимся из заключения. Многие предприятия Магадана перешли на выпуск военной продукции. Развернулась работа по расширению старых и освоению новых производств. Многое легло на плечи заключенных Маглага и бывших заключенных, остававшихся патриотами своей страны. Они трудились практически на всех предприятиях и стройках Магадана.
Магаданский авторемонтный завод (АРЗ) увеличил выпуск оборудования для горнодобывающей промышленности, автомобильного и морского транспорта, количество ремонтируемой техники. Становясь на стахановскую вахту, рабочие АРЗа многократно перевыполняли нормы. Один из лучших токарей Д. М. Евдин 15 февраля 1943 г. выполнил суточное задание на 437%. В апреле 1942 г. стахановец Л. В. Колесников добился дневной выработки на 1 062%. На АРЗе заведена книга «Счет мести», куда заносились сверхплановые показатели в работе.
С энтузиазмом трудились рабочие Марчеканского завода (в то время – завод №2) За годы войны завод №2 дал горнодобывающим предприятиям Дальстроя 550 различных, в том числе экскаваторных ковшей, сотни промприборов и газогенераторных установок. В. П. Березин, будущий начальник «Северовостокзолота», вспоминал: «Машиностроители Дальстроя в годы войны творили такие чудеса, что, наверное, будь к тому нужда, подковали бы не одну – тысячи блох. Научились делать компрессоры, дробилки, электросверла, экскаваторы, научились превращать тракторы в бульдозеры».
Нагаевский морской порт приобрел оборонное значение – отсюда шли грузы для фронта. Нужно было увеличить пропускную способность порта. Был построен третий причал, складские помещения для ценных грузов, создана своя автобаза. Успешно доставлял грузы в прибрежные населенные пункты флот малого каботажа – катер «Чкалов», шхуна «Звезда», буксир «Марчекан».
Крайне важной для жизни столицы Колымы являлась работа авиаотряда Дальстроя. Территория деятельности Дальстроя увеличилась за счет Якутии, Чукотки, где появились новые горнодобывающие предприятия. В срочном порядке была достроена взлетно-посадочная полоса аэродрома на 13-м километре и построен аэродром на 47-м километре Колымской трассы. Авиаотряд обеспечивал доставку грузов, продовольствия, почты, перевозку пассажиров в Хабаровск и по всей территории Дальстроя, занимался аэрофотосъемкой. Труднее всего давалась глубокая ледовая разведка, которая проводилась не только в Охотском море, но и в Восточно-Сибирском. Успешную работу обеспечивали командиры авиаотряда – знаменитые летчики Ш. Шимич и Д. Фуфаев. Именем Шандора Шимича, венгерского интернационалиста, названа одна из улиц Магадана.
Крайне необходимо было северянам стекло. Силами заключенных осенью 1941 г. начали строить стекольную мастерскую. Работы велись при сорокаградусном морозе. Уже в феврале 1942 г. была выдана первая плавка из битого стекла. Позднее освоили производство с использованием вулканического пепла, найденного геологами в Хасынском районе. Расширялись производственные площади и объемы продукции. Завод выпускал лампочки, автомобильные фары, посуду, стаканы, бутыли, елочные игрушки, изоляторы, а самое главное – листовое стекло. В большом количестве оно требовалось для колымских теплиц.
Созданный в 1939 г. Магаданский промкомбинат объединял кузнечно-жестяной, деревообделочный, сапожно-пошивочный цехи, массово-пошивочную мастерскую. Он выполнял заказы горных предприятий – изготовлял капоты и отеплители для автомашин, вентиляционные трубы, палатки, полевые сумки, спецодежду. Производил товары широкого потребления. В годы войны встала задача как можно меньше завозить продукции с «материка». Цех точной механики начал выпускать дефицитную топливную аппаратуру к дизелям, появились ватная фабрика, пимокатный цех. Промкомбинат осваивал новые производства, привлекая местное и вторичное сырье. Из старых капотов и крыльев автомашин штамповали лотки, а из консервных банок извлекали дефицитное олово, изготовляли пуговицы, кружки, ложки и вилки. Хлопчатобумажный утиль, ветошь стали сырьем для рабочей одежды, ваты, ватных телогреек и одеял, валяной обуви. Кожевенный завод обрабатывал шкуры животных, а из отходов давал высококачественный столярный клей, мыло, щетки.